Mit dem Bau des Schlosses Doksy begann wahrscheinlich nach 1553 Jan von Vartemberg. Nach der Schlacht am Weißen Berg gelangte das Schloss in den Besitz Adams von Waldstein, der es noch im selben Jahr an seinen Neffen Albrecht von Waldstein verkaufte. Nachdem dieser 1634 ermordet worden war, wurde Walter Butler, einer seiner Mörder, Eigentümer des Schlosses, später aber kauften die Waldsteiner den Besitz zurück und residierten hier bis 1945, als das Schloss auf Grundlage der Beneš-Dekrete enteignet wurde.
Das Schloss Doksy wurde zwischen 2017 und 2019 umfassend renoviert. Etwa ein Drittel des Gebäudes wurde renoviert, ein multifunktionaler Saal entstand und das Museum des Čtyřlístek zog hier ein. Während der Bauarbeiten entdeckten die Handwerker unter anderem ein Renaissanceportal oder eine Rokokodecke.
Im Juni 2020 wurde die neue Besichtigungsroute „Mit den Waldsteinern durch das Schloss“ eröffnet, die historische Ausstellungen mit modernen Technologien wie Touchscreens und QR-Codes verbindet. Seit dem Sommer 2023 befindet sich hier zudem eine einzigartige Ausstellung historischer Motorräder.
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